GenomEra® MRSA/SA Multi Swab -määrityksen spesifisyyden parantaminen magneettikaappaukseen perustuvalla esikäsittelyllä
Erkko, Liina-Lotta (2018-05-29)
GenomEra® MRSA/SA Multi Swab -määrityksen spesifisyyden parantaminen magneettikaappaukseen perustuvalla esikäsittelyllä
Erkko, Liina-Lotta
(29.05.2018)
Tätä artikkelia/julkaisua ei ole tallennettu UTUPubiin. Julkaisun tiedoissa voi kuitenkin olla linkki toisaalle tallennettuun artikkeliin / julkaisuun.
Turun yliopisto
Tiivistelmä
Metisilliiniresistentti Staphylococcus aureus (MRSA) aiheuttaa monenlaisia infektioita yksinkertaisista ihoinfektioista, kuten paiseista, aina hengenvaarallisiin verenmyrkytyksiin. Koska MRSA on yleinen, hyvin patogeeninen bakteeri ja resistentti monille yleisimmin käytetyille antibiooteille, sen hoito on hankalaa ja yksittäiset infektiot saattavat johtaa epidemioihin. Leviämisen ehkäisemiseksi MRSA-potilaat pyritään monesti eristämään. Hitaat diagnostiset menetelmät tai väärät positiiviset diagnoosit johtavat turhiin eristyspäiviin ja mahdollisesti hoitoihin, mikä maksaa yhteiskunnalle. Abacus Diagnostica Oy:n GenomEra® MRSA/SA Multi Swab -testi on nukleiinihappomääritys, jolla havaitaan metisilliiniresistenttiyden aiheuttavaa mecA-geeniä ja S. aureus -konservoitunutta sekvenssiä. S. aureuksen (SA) lisäksi on kuitenkin muitakin stafylokokkeja, jotka kantavat mecA-geeniä (methicillin resistant coagulase negative Staphylococci, MRCoNS). Tämä aiheuttaa ongelmia, kun kyseessä on sekanäyte, joka sisältää sekä metisilliinille alttiita SA-soluja (MSSA) että MRCoNS-soluja. Tällöin sekä mecA- että SA-spesifiset amplikonit monistuvat johtaen väärään MRSA-positiiviseen tulokseen.
Työssä testin spesifisyyttä pyrittiin parantamaan magneettikaappausesikäsittelyn avulla. Kun näytteeseen lisätään SA-spesifisillä vasta-aineilla päällystettyjä paramagneettisia partikkeleita (MP), näytteen sisältämät SA-solut sitoutuvat partikkeleihin. Tämän jälkeen MP:t voidaan erotella magneetin avulla ja näytematriisi yhdessä sen sisältämien MRCoNS-bakteerien kanssa yksinkertaisesti pipetoidaan ja pestään pois.
Työssä tutkittiin sekä itse HUK66-vasta-aineella pinnoitettuja COOH- ja streptavidiinipinnoitteisia MP:eita, että kaupallisia tarkoitukseen kehitettyjä MP:eita. Itse pinnoitettuja vasta-aineita tutkittiin vain vähän, olennaisimpana tuloksena se, että MP:n pinta voi sitoa bakteereita hyvinkin epäspesifisesti. COOH-pinnoitteiset MP:t toimivat streptavidiini-MP:eita paremmin. Kaupallisten MP:eiden spesifisyyttä arvioitiin näytteillä, jotka sisälsivät matalia SA-pitoisuuksia ja eriasteisia MRCoNS-ylimääriä. Vielä 10-kertaisella MRCoNS-ylimäärällä vääristä MRSA-positiivisista päästiin eroon, mutta 100-kertainen ylimäärä aiheutti väärän positiivisen tuloksen. Määrityksen herkkyyteen esikäsittely ei vaikuttanut ja alustavan, 8 MSSA- ja 3 MRSA-kantaa sisältävän paneelin mukaan MP:eiden kantakattavuus vaikutti lupaavalta. Kliinisiä sekanäytteitä testattiin työn aikana 15, joista 6 tapauksessa päästiin eroon väärästä positiivisesta MRSA-tuloksesta.
Kehitetyllä esikäsittelyllä onnistuttiin suppealla kliinisten näytteiden paneelilla karsimaan 40 % vääristä MRSA-positiivisista tuloksista. Vaikka menetelmää ei onnistuttu kehittämään valmiiksi, todistavat työn tulokset menetelmän potentiaalin: magneettikaappausesikäsittelyllä voidaan parantaa GenomEra® MRSA/SA -määrityksen spesifisyyttä. Lisätutkimuksella voidaan selvittää, parantaako esikäsittely spesifisyyttä tarpeeksi.
Työssä testin spesifisyyttä pyrittiin parantamaan magneettikaappausesikäsittelyn avulla. Kun näytteeseen lisätään SA-spesifisillä vasta-aineilla päällystettyjä paramagneettisia partikkeleita (MP), näytteen sisältämät SA-solut sitoutuvat partikkeleihin. Tämän jälkeen MP:t voidaan erotella magneetin avulla ja näytematriisi yhdessä sen sisältämien MRCoNS-bakteerien kanssa yksinkertaisesti pipetoidaan ja pestään pois.
Työssä tutkittiin sekä itse HUK66-vasta-aineella pinnoitettuja COOH- ja streptavidiinipinnoitteisia MP:eita, että kaupallisia tarkoitukseen kehitettyjä MP:eita. Itse pinnoitettuja vasta-aineita tutkittiin vain vähän, olennaisimpana tuloksena se, että MP:n pinta voi sitoa bakteereita hyvinkin epäspesifisesti. COOH-pinnoitteiset MP:t toimivat streptavidiini-MP:eita paremmin. Kaupallisten MP:eiden spesifisyyttä arvioitiin näytteillä, jotka sisälsivät matalia SA-pitoisuuksia ja eriasteisia MRCoNS-ylimääriä. Vielä 10-kertaisella MRCoNS-ylimäärällä vääristä MRSA-positiivisista päästiin eroon, mutta 100-kertainen ylimäärä aiheutti väärän positiivisen tuloksen. Määrityksen herkkyyteen esikäsittely ei vaikuttanut ja alustavan, 8 MSSA- ja 3 MRSA-kantaa sisältävän paneelin mukaan MP:eiden kantakattavuus vaikutti lupaavalta. Kliinisiä sekanäytteitä testattiin työn aikana 15, joista 6 tapauksessa päästiin eroon väärästä positiivisesta MRSA-tuloksesta.
Kehitetyllä esikäsittelyllä onnistuttiin suppealla kliinisten näytteiden paneelilla karsimaan 40 % vääristä MRSA-positiivisista tuloksista. Vaikka menetelmää ei onnistuttu kehittämään valmiiksi, todistavat työn tulokset menetelmän potentiaalin: magneettikaappausesikäsittelyllä voidaan parantaa GenomEra® MRSA/SA -määrityksen spesifisyyttä. Lisätutkimuksella voidaan selvittää, parantaako esikäsittely spesifisyyttä tarpeeksi.