Metylaatioprofiloinnin vaikutus atyyppisten meningeoomien riskiluokitukseen
Sannikka, Ville (2025-03-13)
Metylaatioprofiloinnin vaikutus atyyppisten meningeoomien riskiluokitukseen
(13.03.2025)
Julkaisu on tekijänoikeussäännösten alainen. Teosta voi lukea ja tulostaa henkilökohtaista käyttöä varten. Käyttö kaupallisiin tarkoituksiin on kielletty.
avoin
Julkaisun pysyvä osoite on:
https://urn.fi/URN:NBN:fi-fe2025041628082
https://urn.fi/URN:NBN:fi-fe2025041628082
Tiivistelmä
Meningeoomat ovat yleisimpiä primaarisia kallonsisäisiä kasvaimia ja ne saavat todennäköisesti alkunsa lukinkalvon meningoteliaalisesta solukosta. Meningeoomat aiheuttavat kasvaimen sijainnista riippuen erilaisia, vakavuusasteeltaan vaihtelevia neurologisia oireita. Meningeoomat jaetaan kolmeen eri gradukseen, joista graduksen 1 kasvaimet ovat hyvälaatuisia ja hitaasti kasvavia, mutta graduksen 2 ja 3 kasvaimet ovat aggressiivisempia ja uusiutuvat herkemmin. Graduksen 2 atyyppisten meningeoomien uusiutumisriskin ennustaminen on erittäin hankalaa pelkästään histologian perusteella, johon nykyiset Maailman terveysjärjestön WHO:n suositukset pohjautuvat. Metylaatiostatuksen määrittäminen mahdollistaa entistä tarkemman uusiutumisriskin ennustamisen atyyppisille meningeoomille.
Tässä tutkielmassa selvitettiin retrospektiivisesti metylaatioluokka (Ben 1–3, Int A/B tai Mal) 17:lle Turun yliopistollisessa keskussairaalassa (Tyks) leikatulle atyyppiselle meningeoomalle. Metylaatioluokka määritettiin kasvainten metylaatiostatuksen sekä kopiolukumuutosten avulla. Metylaatiostatuksen selvittämiseen käytettiin Heidelbergin yliopistollisen sairaalan (UKHD), Hopp:n lasten syöpäkeskuksen Heidelberg (KiTZ) ja Saksan syöpätutkimuskeskuksen (DKFZ) kehittämää ja ylläpitämää Brain Classifier -luokittelualgoritmia. Kopiolukumuutokset tutkittiin R ohjelmistolla conumee 2.0-paketilla. Tutkielma toimii osana käytettävän menetelmän validointia Tyks genomiikan laboratorion käyttöön ja osana tutkielmaa tehtiin myös ISO 15189:2022 mukainen prospektiivinen riskienarviointi.
Tutkielmassa todettiin, että 47 % näytteistä kuuluu matalamman uusiutumisriskin metylaatioluokkiin ja 53 % korkeamman uusiutumisriskin metylaatioluokkiin. Matalamman uusiutumisriskin näytteissä ei havaittu kromosomi 22q alimäärän lisäksi juurikaan muita kopiolukumuutoksia, kun taas korkeamman uusiutumisriskin näytteissä havaittiin lukuisia kopiolukumuutoksia, joista merkittävimpiä olivat kromosomien 1p ja 22q alimäärät. Euroopan neuro-onkologian yhdistyksen suositusten perusteella matalan uusiutumisriskin potilaiden seurantaa voidaan harventaa, mikä koskisi puolta tämän tutkimuksen aineiston potilaista.
Tässä tutkielmassa selvitettiin retrospektiivisesti metylaatioluokka (Ben 1–3, Int A/B tai Mal) 17:lle Turun yliopistollisessa keskussairaalassa (Tyks) leikatulle atyyppiselle meningeoomalle. Metylaatioluokka määritettiin kasvainten metylaatiostatuksen sekä kopiolukumuutosten avulla. Metylaatiostatuksen selvittämiseen käytettiin Heidelbergin yliopistollisen sairaalan (UKHD), Hopp:n lasten syöpäkeskuksen Heidelberg (KiTZ) ja Saksan syöpätutkimuskeskuksen (DKFZ) kehittämää ja ylläpitämää Brain Classifier -luokittelualgoritmia. Kopiolukumuutokset tutkittiin R ohjelmistolla conumee 2.0-paketilla. Tutkielma toimii osana käytettävän menetelmän validointia Tyks genomiikan laboratorion käyttöön ja osana tutkielmaa tehtiin myös ISO 15189:2022 mukainen prospektiivinen riskienarviointi.
Tutkielmassa todettiin, että 47 % näytteistä kuuluu matalamman uusiutumisriskin metylaatioluokkiin ja 53 % korkeamman uusiutumisriskin metylaatioluokkiin. Matalamman uusiutumisriskin näytteissä ei havaittu kromosomi 22q alimäärän lisäksi juurikaan muita kopiolukumuutoksia, kun taas korkeamman uusiutumisriskin näytteissä havaittiin lukuisia kopiolukumuutoksia, joista merkittävimpiä olivat kromosomien 1p ja 22q alimäärät. Euroopan neuro-onkologian yhdistyksen suositusten perusteella matalan uusiutumisriskin potilaiden seurantaa voidaan harventaa, mikä koskisi puolta tämän tutkimuksen aineiston potilaista.