BCL6-geenin tehostaja-alueiden vaikutus somaattiseen hypermutaatioon B-soluissa
Luomala, Suvi (2019-11-05)
BCL6-geenin tehostaja-alueiden vaikutus somaattiseen hypermutaatioon B-soluissa
(05.11.2019)
Julkaisu on tekijänoikeussäännösten alainen. Teosta voi lukea ja tulostaa henkilökohtaista käyttöä varten. Käyttö kaupallisiin tarkoituksiin on kielletty.
suljettu
Julkaisun pysyvä osoite on:
https://urn.fi/URN:NBN:fi-fe2019121648294
https://urn.fi/URN:NBN:fi-fe2019121648294
Tiivistelmä
B-solut muodostuvat aikuisella ihmisellä luuytimessä, josta ne kulkeutuvat imusolmukkeisiin. Imusolmukkeiden itukeskuksissa tapahtuvat luokanvaihto ja somaattinen hypermutaatio (engl. somatic hypermutation, SHM). SHM:n vaikutus kohdistuu vasta-ainegeeniin, ja sen seurauksena B-solujen vasta-aineiden affiniteetti antigeenejä kohtaa kasvaa tai laskee. SHM tapahtuu vain itukeskuksen aktiivisissa B-soluissa. B-soluissa on AID-entsyymi, joka katalysoi mutaatioita. AID-entsyymi voi katalysoida somaattista hypermutaatiota vasta-ainegeenin lisäksi BCL6-geeniin. Mutaatiot voivat muuntaa BCL6-geenin syöpägeeniksi ja siten vaikuttaa B-solulymfoomien muodostumiseen. BCL6-geenin on todettu olevan mutatoitunut useissa eri lymfoomissa.
BCL6-geenin tehostaja-alueiden vaikutusta SHM:ään voidaan tutkia esimerkiksi GFP loss assay -menetelmällä. Jos tutkittavalla tehostaja-alueella on DNA-sekvenssi, jolla on SHM:n kohdentamisaktiivisuutta eli DIVAC-aktiivisuutta, mutaatiot kertyvät GFP-geenin läheisyyteen, ja GFP-geenin ilmentyminen estyy. Tehostaja-alueiden vaikutusta SHM:ään voidaan selvittää myös CRISPR-Cas9 genomin muokkausmenetelmällä, jolla tutkittava tehostaja-alue voidaan poistaa.
Tämän tutkimuksen tavoitteena on selvittää, onko tietyillä BCL6-geenin tehostaja-alueilla DIVAC aktiivisuutta eli saavatko ne AID-entsyymin katalysoimaan SHM:ää. Tutkimuksessa saadaan tietoa tehostaja-alueiden vaikutuksesta mutaatioihin, sekä syöpämekanismien tunnistamisesta ja lymfoomien taustasta.
Tutkimuksessa osoitettiin, että BCL6-geenin E7 tehostaja-alue voisi mahdollisesti toimia DIVACina, ja vaikuttaa SHM:ään. B cells are formed in an adult human in the bone marrow, from which they enter the lymph nodes. Class switch recombination and somatic hypermutation (SHM) occur in the germinal centers of the lymph nodes. The effect of SHM is directed at the antibody gene, and as a result, the affinity of antibodies for antigens might increase or decrease. SHM occurs only in the active B cells of the germinal center. B cells have an AID enzyme that catalyzes mutations. The AID enzyme can catalyze somatic hypermutation to the BCL6 gene in addition to the antibody gene. Mutations can convert the BCL6 gene into a cancer gene and thus act the formation of B cell lymphomas. The BCL6 gene is known to be mutated in a variety of lymphomas.
The effect of BCL6 gene enhancer regions on SHM can be studied, for example, by the GFP loss assay method. If there is DIVAC activity in the enhancer region under study, mutations will accumulate in the vicinity of the GFP gene, thereby inhibiting the expression of the GFP gene. DIVAC is a DNA sequence with SHM targeting activity. The effect of enhancer regions on SHM can also be determined by the CRISPR-Cas9 genomic modification method, by which the enhancer examined can be removed.
The purpose of this study is to determine whether certain BCL6 gene enhancer regions have DIVAC activity, i.e., whether they are catalyzed by AID to catalyze SHM. The study provides information on the effect of enhancer regions on mutations, as well as on the identification of cancer mechanisms and the background of lymphomas.
The study showed that the enhancer region E7 of the BCL6 gene could potentially act as DIVAC and affect SHM.
BCL6-geenin tehostaja-alueiden vaikutusta SHM:ään voidaan tutkia esimerkiksi GFP loss assay -menetelmällä. Jos tutkittavalla tehostaja-alueella on DNA-sekvenssi, jolla on SHM:n kohdentamisaktiivisuutta eli DIVAC-aktiivisuutta, mutaatiot kertyvät GFP-geenin läheisyyteen, ja GFP-geenin ilmentyminen estyy. Tehostaja-alueiden vaikutusta SHM:ään voidaan selvittää myös CRISPR-Cas9 genomin muokkausmenetelmällä, jolla tutkittava tehostaja-alue voidaan poistaa.
Tämän tutkimuksen tavoitteena on selvittää, onko tietyillä BCL6-geenin tehostaja-alueilla DIVAC aktiivisuutta eli saavatko ne AID-entsyymin katalysoimaan SHM:ää. Tutkimuksessa saadaan tietoa tehostaja-alueiden vaikutuksesta mutaatioihin, sekä syöpämekanismien tunnistamisesta ja lymfoomien taustasta.
Tutkimuksessa osoitettiin, että BCL6-geenin E7 tehostaja-alue voisi mahdollisesti toimia DIVACina, ja vaikuttaa SHM:ään.
The effect of BCL6 gene enhancer regions on SHM can be studied, for example, by the GFP loss assay method. If there is DIVAC activity in the enhancer region under study, mutations will accumulate in the vicinity of the GFP gene, thereby inhibiting the expression of the GFP gene. DIVAC is a DNA sequence with SHM targeting activity. The effect of enhancer regions on SHM can also be determined by the CRISPR-Cas9 genomic modification method, by which the enhancer examined can be removed.
The purpose of this study is to determine whether certain BCL6 gene enhancer regions have DIVAC activity, i.e., whether they are catalyzed by AID to catalyze SHM. The study provides information on the effect of enhancer regions on mutations, as well as on the identification of cancer mechanisms and the background of lymphomas.
The study showed that the enhancer region E7 of the BCL6 gene could potentially act as DIVAC and affect SHM.